La Ecología es la ciencia que estudia las relaciones de los seres vivos que habitan un medio ambiente determinado y que conforman un ecosistema. El estudio de un ecosistema, requiere del conocimiento de los componentes bióticos y abióticos que lo constituyen, incluyendo las condiciones físicas y químicas del medio ambiente o hábitat en el que se desarrolla.

La cavidad oral es un ecosistema complejo y fascinante en donde los grandes protagonistas son la gran diversidad de microorganismos que pueden habitar en ella. Una boca sana, es el resultado del perfecto equilibrio entre todos sus componentes anatómicos, fisiológicos, biológicos y no biológicos.

En la ecología microbiana, el término "nicho" no hace referencia a su localización en el medio, sino que se refiere al papel que juega un microorganismo en un determinado hábitat. Esto quiere decir, que un mismo microorganismo puede tener un "nicho" benéfico o perjudicial para los demás componentes del ecosistema, dependiendo de las características del medio ambiente en el que esté presente. Algo particularmente interesante de la ecología microbiana de la cavidad oral es que podemos encontrar microorganismos ubicuos, los cuales se pueden encontrar en una gran diversidad de hábitats formando diferentes nichos.

Los microorganismos residentes en un medio ambiente natural como la piel, el intestino o la cavidad oral, se pueden considerar como el componente microbiano normal de ese sitio. Este tipo de microbiota ha sido llamada también flora endógena o indígena y por definición se considera compatible con la homeostasis del medio en el cual se desarrolla. Este tipo de microbiota residente, normalmente juega un papel benéfico o "nicho protector" en el medio. Sin embargo, existen factores que pueden modificar o alterar su equilibrio, ocasionando cambios en el medio ambiente y favoreciendo el desarrollo de enfermedades. En la cavidad oral, el ejemplo más claro cuando este desbalance ocurre, es la presencia de enfermedades como la caries y la enfermedad periodontal, ambas patologías causadas por los mismos microorganismos residentes en ella. 

Este curso tiene como objetivo que los estudiantes de Odontología puedan comprender desde un enfoque interdisciplinario, la relación entre el equilibrio ecológico oral y los factores etiológicos que inciden en la patogénesis de la caries dental, la enfermedad periodontal y la periimplantitis, principalmente. El entendimiento de esta relación, permitirá que las estrategias terapéuticas y preventivas que empleen para tratar y prevenir estas enfermedades, sean las más adecuadas considerando de manera integral todos los aspectos del ecosistema oral.